Cette histoire relate l'exil du chevalier de Servion et de ses compagnons dans la Genève réformée. Au début de l'année 1545, la peste est de retour. Le fléau est aussi propagé par des mains criminelles, les boute-peste, qui enduisent les poignées de porte avec des chiffons infectés. Les coupables démasqués, il s'ensuivra une campagne d'exécutions sanglantes.
Après cet épisode, dans un climat toujours délétère, les héros du roman participent à l'esprit de rébellion et au bon sens populaire des habitants contre les ordonnances répressives du pouvoir. Avec le bûcher de Servet, génial théologien et médecin, en octobre 1553 disparaissent les espoirs d'une Réforme à visage humain, suite à l'odieuse machination de Calvin et de son secrétaire. La cité se referme dans les ténèbres de l'ignorance et de la superstition.
L'ouvrage décrit des événements tragiques et cocasses, la plupart réels, d'après le Registre du Conseil de l'époque. C'est aussi une apologie de la liberté de conscience et d'expression naissante au XVIe siècle, toujours en danger de nos jours.